GBKP Klasis Jakarta Kalimantan adalah pemekaran dari GBKP Klasis Jakarta Bandung. Sidang Majelis Sinode GBKP tahun 2015 memutuskan untuk memekarkan GBKP Klasis Jakarta Bandung menjadi 2 Klasis dan akan ditindaklanjuti di dalam Sidang Majelis Klasis Jakarta Bandung. Di dalam Sidang Majelis Klasis Jakarta Bandung tanggal 13 Maret 2016, GBKP Klasis Jakarta Bandung secara resmi mekar menjadi 2 Klasis, yaitu : GBKP Klasis Jakarta Kalimantan dan GBKP Klasis Bekasi Denpasar.

GBKP Klasis Jakarta Kalimantan berkantor di Jl. Jatiwaringin Raya No. 45/88 RT/RW 002/015 Pondok Gede – Bekasi, 17411.Wilayah Pelayanan GBKP Klasis Jakarta Kalimantan meliputi Runggun-Runggun di wilayah Jakarta Timur, sebagian Jawa Barat dan wilayah Kalimantan.

Saat ini GBKP Klasis Jakarta Kalimantan melayani 20 Runggun, 3 Perpulungen dan 5 Perminggun.Runggun-Runggun di Wilayah GBKP Klasis Jakarta Kalimantan : 1. Cililitan, 2. Pondok Gede, 3. Bogor, 4. Depok-Lenteng Agung, 5. Cijantung, 6. Klender, 7. Cisalak, 8. Pontianak, 9. Cileungsi, 10. Palangkaraya, 11. Cibinong, 12. Cibubur, 13. Bogor Barat, 14. Samarinda, 15. Balikpapan, 16. Studio Alam, 17. Jampind, 18. Banjarmasin, 19. Parindu, dan 20. Sukabumi.